首先，適用的面積不一樣。如果面積大于500㎡，建議選用傳統的潔凈室工程，如果在100-500㎡之間，潔凈室（無塵室）最合適。如果是100㎡以下，選擇潔凈室和潔凈棚都可以。潔凈工程一般單獨使用，潔凈室可單獨使用，也可配合建造在大的生產車間里。潔凈棚則一般是配合大的潔凈室內使用，以滿足局部高潔凈度的要求。

其次，從造價成本上看，潔凈棚是相對比較便宜的。潔凈棚框架簡單，一般采用工業(yè)鋁材（或不銹鋼方通、鐵方通噴塑），四周用防靜電掛簾或柵簾。潔凈棚沒有獨立的空調送風系統，風機濾網機組FFU也不會過多，一般沒有單獨的初中效過濾器，如果不配合大的潔凈室使用，高效過濾器使用壽命會大大降低，無形中增加成本。

第三，施工周期不同。潔凈室工程需要時間較長，潔凈室一般需要3-5天，現場不用切割加工，不影響生產，也不產生施工垃圾。潔凈棚因結構簡單，施工周期同樣很短。

第四，從材料的重復利用率來看，潔凈室材料的重復利用率高，改造時，除了密封膠以及一些易損易耗品需要更換外，其他材料均可重復利用。

第五，從通透性、美觀度來看，潔凈室四周采用大幅中空玻璃視窗，視覺比傳統潔凈室工程更加通透明亮，材質和表面處理更精細，外觀現代簡約大方。